Husdyrproduktioner kan give anledning til store udslip af ammoniak og kan derfor i visse tilfælde være en væsentlig trussel mod specielt de kvælstoffølsomme naturtyper i det åbne land. Tæt på større kilder, fx større staldanlæg, kan ammoniak optræde i koncentrationer i luften, der kan give direkte effekter på vegetationen. Akkumulering og udvaskning af kvælstof som følge af en forøget tilførsel kan desuden på længere sigt påvirke næringsstofbalancen og forsure jorden.
Ammoniakatab handler om kravene til generel begrænsning af ammoniaktabet bl.a. gennem brugen af den miljømæssigt bedste tilgængelige teknik. Sigtet med det generelle krav om reduktion af ammoniaktab fra husdyrbrug er at sikre, at der generelt fortsat reduktion af ammoniakbelastningen af Danmarks natur.
Påvirkning af natur handler primært om hvor meget det ansøgte projekt påvirker konkrete nærtliggende naturområder omfattet af husdyrgodkendelseslovens § 7. Dertil kommer kommunens vurdering af hvordan det ansøgte projekt påvirker anden særlig natur, herunder naturområder omfattet af naturbeskyttelseslovens § 3 eller habitatdirektivet.